1714 wurde die Pfarrkirche Johannes der Täufer (Johannes Baptista) und Johannes der Evangelist (der Theologe) vom Regensburger Weihbischof Albrecht Ernst Graf von Wartenberg geweiht.
Die ursprünglich romanische, aus Bruchsteinen und Quadern erbaute Kirche wurde in ihrer langen Geschichte mehrmals verlängert und verändert und zwar hauptsächlich in den Jahren 1712 und 1911. Der Turm wurde im Jahre 1786 erhöht. Er ist mit einer barocken Zwiebelkuppel bekrönt.
Das kleine romanische Fenster im Untergeschoss der Ostwand des Chores ist das einzige heute noch sichtbare Relikt der ursprünglichen Kirche. Das alte noch vorhandene Bruchsteingemäuer aus der Romanik im unteren Teil des Turmes und im vorderen Teil des Kirchenschiffes liegt unter Verputz.
Erstmals urkundlich bezeugt ist die Pfarrkirche Hainsbach im Jahr 1266 als Papst Clemens IV. dem Benediktinerkloster St. Emmeram in Regensburg die Kirche in Hainsbach bestätigte. Kraft dieser päpstlichen Bestätigung ist sie als Eigentum des Klosters St. Emmeram in Regensburg ausgewiesen.
Von der mittelalterlichen Ausstattung erhalten geblieben sind das aus der ersten Hälfte des 15. Jahrhunderts in der Nordwand des Chores – es diente früher zur Aufbewahrung der geweihten Hostien – und das Taufbecken.
Im Jahr 1667 erhielt die Kirche die beiden barocken Seitenaltäre mit korinthischen Säulen und Engelsköpfen. Das Altarbild auf dem rechten Seitenaltar zeigt die Vierzehn Nothelfer mit der Haindlinger Madonna. Das Oberbild zeigt den hl. Josef. Auf der Mensa des linken Seitenaltars, dem Sankt Annaaltar, steht eine Barockmadonna. Das Altarbild zeigt die Muttergottes Maria mit ihren Eltern Anna und Joachim und auf dem Oberbild ist Apollonia, die geweihte Jungfrau, zusehen.
Der jetzige Hochaltar, eine schmale Anlage mit zwei gewundenen Säulen, wurde 1714 in der Klosterschreinerei St. Emmeram gefertigt.
Das Altarbild zeigt Maria mit dem Jesuskind und Johannesknaben, flankiert von den gotischen Apostelfiguren Petrus und Paulus, die um 1490 gefertigt worden sein dürften. Sie stammen aus der Kirche in Haindlingberg, die 1924 abgerissen wurde.
Das Oberbild zeigt Johannes der Evangelist auf Patmos.
An der linken Wand des Chores hängt ein Bild zum Thema „Mater Dolorosa“ (Schmerzhafte Muttergottes), welches das Altarbild der Fastenzeit war.
Über dem Chorbogen befindet sich eine Wappenkomposition, von Engeln flankiert, des Abtes Johannes IV. Baptist Hemm (1694-1719) vom Kloster St. Emmeram, Regensburg.
1720 kam die jetzige Kanzel in die Pfarrkirche. Das große Kruzifix und die schmerzhafte Muttergottes an der rechten Seite des Kirchenschiffes fertigte der Geiselhöringer Bildhauer Simon Hofer in den Jahren 1741 bis 1745.
Die „Mondsichelmadonna“ mit Kind auf der Mensa des linken Seitenaltares entstammt wohl dem 19. Jahrhundert. Die goldene Krone erhielt sie im Jahr 1956.
Bereits im 18. Jahrhundert dagegen dürften der hl. Sebastian und die recht ausdrucksstarke Plastik des hl. Johannes Nepomuk gefertigt worden sein. Dem 19. Jahrhundert zuzurechnen sind die Figuren des hl. Antonius mit Kind, des hl. Judas Thaddäus und der hl. Theresia, die alle im Kirchenschiff unter der Empore ihren Platz haben.
Das eindrucksvolle Deckengemälde, die „Madonna schützt Hainsbach“, wurde von Gotthard Bauer 1929 gemalt.
Schließlich gehören noch zur Ausstattung der Pfarrkirche alte Grabplatten im Chor und vorderen Kirchenschiff. Sie erinnern an die Hainsbacher Hofmarksherren Sigmund und Gabriel Kastner, gestorben 1533 und 1565, an die Gattin von Sigmund, an die Hainsbacher Pfarrer Friedrich Zigler, gestorben 1669, und Sebastian Stiller sowie an den St. Emmeramer Probst Johann Ulrich Kastner.
Der markanteste Grabstein unter diesen ist sicherlich der des Hainsbacher Hofmarksherrn Gabriel Kastner, des Letzten seines Geschlechts, an der linken Seite des Kirchenschiffes, unmittelbar neben dem linken Seitenaltar. Auf einer Rotmarmorplatte ist im Relief der Gekreuzigte dargestellt, diesem zu Füßen die Stadt Jerusalem. Darunter knien Gabriel Kastner und eine Gemahlin, die in Hainsbach begraben wurden.
Turm über dem Altarraum. Erhöhung und neue Kuppel 1785 – vier Glocken. Neben der Kirche stand bis ins 19. Jahrhundert ein Schloss (Propsteigebäude). Erbaut unter Abt Blasius Baumgarntner (+ 1575), erweitert 1609 unter Abt Hieronymus II Feury, 1783 mit Umfassungsmauer.
