Im Jahr 1667 erhielt die Kirche die beiden barocken Seitenaltäre mit korinthischen Säulen und Engelsköpfen. Das Altarbild auf dem rechten Seitenaltar zeigt die Vierzehn Nothelfer mit der Haindlinger Madonna. Das Oberbild zeigt den hl. Josef. Auf der Mensa des linken Seitenaltars, dem Sankt Annaaltar, steht eine Barockmadonna. Das Altarbild zeigt die Muttergottes Maria mit ihren Eltern Anna und Joachim und auf dem Oberbild ist Apollonia, die geweihte Jungfrau, zusehen.
Der jetzige Hochaltar, eine schmale Anlage mit zwei gewundenen Säulen, wurde 1714 in der Klosterschreinerei St. Emmeram gefertigt.
Das Altarbild zeigt Maria mit dem Jesuskind und Johannesknaben, flankiert von den gotischen Apostelfiguren Petrus und Paulus, die um 1490 gefertigt worden sein dürften. Sie stammen aus der Kirche in Haindlingberg, die 1924 abgerissen wurde.